Com o propósito de estimular a cultura florestal no Estado de São Paulo, a partir de 1903, a Companhia Paulista de Estradas de Ferro e Fluvial, começou a adquirir terras ao longo das linhas férreas.

Em 1904, Edmundo Navarro de Andrade instalou os primeiros experimentos de natureza silvicultural para determinar uma essência capaz de fornecer madeira e lenha combustível para suprir as necessidades da ferrovia. Após 6 anos de estudos comparativos entre essências exóticas e nativas, no Horto Florestal de Jundiaí, chegou a conclusão de que o eucalipto era a essência que deveria ser plantada em larga escala.

A partir daí, a Companhia Paulista inciou a implantação de seu patrimônio adquirindo propriedades rurais para a expansão da cultura do eucalipto.

O Horto Florestal de Rio Claro foi adquirido por partes. Em 1909 a ex-Cia adquiriu a primeira gleba de terra que possuía 1403 alqueires, um casarão que era a sede e colônia de trabalhadores, e a cultura predominante na época era o café. Instituído o Horto Florestal de Rio Claro, este passou a ser a sede do Serviço Florestal da Companhia Paulista.

Em 1910, outras glebas menores foram adquiridas, porém em meados de 1916, a ex-Cia adquiriu a maior de todas as glebas que possuía: 1754 hectares.

No mesmo ano, por iniciativa de Navarro de Andrade, teve início a construção das primeiras salas do "Museu do Eucalipto", o único do gênero no mundo.

Atualmente o Horto apresenta mais de 60 espécies vivas de eucaliptos, das 144 introduzidas inicialmente. Possui 2222 hectares de terras dos 3158 hectares iniciais, pois ao longo do tempo muitas glebas foram desapropriadas ou vendidas.

Da área atual, 1641 hectares estão reflorestados com essências exóticas ou nativas, 470 hectares são áreas com benfeitorias, estradas, carreadores e servidões. O solo é predominantemente argiloso de boas e média fertilidade ao sul e arenoso de baixa fertilidade ao norte e a topografia predominante é plana.

Em 1977, o Horto Florestal foi tombado pelo COMDEPHAAT, considerando seu potencial histórico e sua presença marcante no desenvolvimento da silvicultura brasileira.

O Horto Florestal "Navarro de Andrade", de Rio Claro, é conhecido internacionalmente, sendo considerado o "Berço do Eucalipto" no Brasil, constituindo-se num importante banco de germoplasma destinado à comunidade científica para estudos e melhoramentos genéticos. É também a única área fora de seu país de origem a apresntar uma concentração com tantas espécies de eucaliptos diferentes.